EC-CUBE2がUbuntu 16.04とPHP7.0ではinstallが真っ白になって動かなかったので、Ubuntu 14.04とPHP5.5で動かした時の設定やコマンドメモ書きです。
Ubuntu 16.04でもがんばればPHP5.6をインストールできるみたいなんですが、テストだった事といろいろ疲れていたのでダウングレードしてしまいました。
時代はDockerコンテナで、必要な環境を用意するんでしょうけどね。

さくらのVPS 512で、Ubuntu 14.04をカスタムインストール後、下記を実行しています。

# ホスト名を設定
sudo hostnamectl set-hostname yamahide.biz

# パッケージライブラリ更新とアップグレード
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade

# アップグレードの自動化
sudo apt-get -y install unattended-upgrades
sudo dpkg-reconfigure -plow unattended-upgrades

# アップグレードの設定変更 コメントを削除
sudo vi /etc/apt/apt.conf.d/50unattended-upgrades
“${distro_id}:${distro_codename}-updates”;

# TeraTermで作成したid_rsa.pubをドラック&ドロップしてSCPで転送
# SSHを証明書のみで認証するようにする事前作業
mkdir .ssh
chmod 700 .ssh
cat id_rsa.pub > .ssh/authorized_keys
chmod 600 .ssh/authorized_keys
rm -f id_rsa.pub

# SSHの設定変更、ポート変更とパスワード認証から変更
sudo vi /etc/ssh/sshd_config
Port 50022
LoginGraceTime 20
PermitRootLogin no
PasswordAuthentication no
# SSH再起動してポートが開いたか確認
sudo service ssh restart
sudo lsof -nPi:50022

# ファイヤーウォールとポート開放の設定
sudo apt-get -y install ufw
sudo ufw allow 50022
sudo ufw allow 80
sudo ufw allow 443
sudo ufw default deny
sudo ufw enable
# ファイヤーウォールの設定確認
sudo ufw status

# 日本語フォントのインストールとOS言語の設定
sudo apt-get -y install fonts-ipafont language-pack-ja
sudo update-locale LANG=ja_JP.UTF-8

# Apache2とMySQLのインストール、MySQLはパスワード設定
sudo apt-get -y install libxml2-dev pkg-config libbz2-dev libcurl4-openssl-dev libjpeg-dev libpng12-dev libxpm-dev apache2 libfreetype6-dev libgmp3-dev libmcrypt-dev mysql-server libmysqlclient-dev libpspell-dev librecode-dev apache2-dev
# PHP5のインストール
sudo apt-get -y install php5 php5-fpm php5-dev php5-curl php5-mysql php5-mcrypt libapache2-mod-php5 php5-apcu php5-fpm php5-gd php5-gmp php5-snmp php-soap php5-sqlite

# mod_rewriteとssl有効化
sudo a2enmod rewrite
sudo a2enmod ssl
sudo service apache2 restart

# PHPのテスト
sudo vi /var/www/html/info.php
<?php
phpinfo();
?>

# MySQL文字化け対策にUTF-8へ変更する
sudo vi /etc/mysql/my.cnf
[mysqld]
character-set-server=utf8
skip-character-set-client-handshake
default-storage-engine=INNODB

[mysqldump]
default-character-set=utf8

[mysql]
default-character-set=utf8
# MySQL再起動して反映
sudo /etc/init.d/mysql restart

# メール送信サーバ
sudo apt-get -y install postfix
⇒手順 http://qiita.com/mizuki_takahashi/items/1b33e1f679359827c17d